随着希腊城邦的迅速发展，波斯帝国也在东方崛起。到公元前6世纪末，波斯帝国已到达印度河以东和小亚细亚海岸以西。他们控制的腓尼基商人活跃在小亚细亚和黑海海峡，侵犯了希腊的商业利益。公元前492年，第一支波斯军队分别用海路和陆路进攻希腊。海军在穿越阿陀斯角的途中遭遇了风暴，几乎整个军队都被摧毁了。军队在色雷斯遭遇当地人民的抵抗，损失惨重，不得不返回波斯。公元前490年，波斯帝国的10万军队和600艘军舰开始了对希腊的第二次进攻，但他们在马拉松战役中被击败。

公元前480年，波斯帝国第三次入侵希腊，以斯巴达和雅典为首的31个城邦组成了全希腊联盟，决定斯巴达人将成为联盟的最高指挥官。公元前480年9月，在狭长的萨拉米湾爆发了海战。希腊的小型战舰灵活地穿梭，打败了波斯的大型战舰，波斯海军在损失300艘军舰后撤退。公元前449年，受伤的波斯帝国同意与希腊缔结和平条约，保证不再向爱琴海派遣军舰，就这样结束了长达数十年的河马战争。

战后，由于海上封锁和战争的结束，双方无法发动下一轮攻击，这使得以它们为代表的东西方文明在各自的方向上蓬勃发展。此后，希腊成为西方文明的发源地，波斯土地上的伊斯兰文化也得到了广泛传播。战后希腊的城邦继续发展，雅典在伯里克利的领导下达到了繁荣的顶峰。然而，雅典势力的向外扩张导致了与柯林斯等其他城邦的利益冲突，斯巴达及其伯罗奔尼撒联盟也成为雅典的敌人。于是，一场为自己利益而战又开始了。

从公元前431年到公元前404年，希腊的陆地和海洋发生了冲突，历史上称为伯罗奔尼撒战争。战争的结果是斯巴达人在波斯的帮助下打败了雅典，并在整个希腊获得了霸权。此后，希腊战争继续进行着，许多城邦轮流成为希腊的新霸权。公元前4世纪上半叶，由于混乱的战争消耗了城邦的力量，希腊最终被新兴的马其顿军队控制。