10月25日，中共中央正式致電，由彭德懷擔任中國人民志願軍司令員兼政治委員。此時他已祕密入朝6天，見過金日成，完成多項軍事部署。就在這天上午，在朝鮮溫井以北和雙水洞地區，志願軍殲滅南韓軍隊千餘人，首戰告捷。

朝鮮戰爭分五次戰役，其間彭德懷與毛澤東不是沒有摩擦。

第二次戰役，志願軍將美軍打到三八線，就下一次戰役時間與是否過三八線問題，他曾給毛澤東發電報：

“如能殲滅南朝鮮1、6兩師，美24師，騎1師或給予殲滅性打擊時，我即將越三八線相機取得漢城。如上述敵人不能給予殲滅性打擊時，即使能越過三八線或取得漢城亦不宜做。因過遠南進，將敵驅至大邱、大田一帶，會增加以後作戰困難，故擬在三八線以北數十里停止，讓敵佔三八線，以便明年再戰時殲滅敵主力。”

兩次戰役後，志願軍傷亡慘重。同時，當地已入冬，戰士們沒有冬裝，出現嚴重凍傷，這些都讓彭德懷很焦慮。在電報裏，他沒直說不好繼續作戰，但透露“此役結束後，需補新兵。……目前，糧、彈、鞋、油、鹽均不能按時接濟，主要原因是無飛機掩護，鐵道運輸全無保證，隨修隨炸”等。

對他的軍隊休整過冬方案，毛澤東密電指示，過了三八線再休整。於是他又回電，“大意是說，打過三八線，估計問題不大。你讓我過，我就執行你的命令，但將來能否守住，我沒有保障。”

彭德懷的這話裏面蘊藏着一點不馴服。

戰局發展果然應驗了彭德懷的判斷。第三次戰役雖突破三八線並攻佔漢城，但聯合國軍是主動撤退的，中朝聯軍除佔了些地盤，沒對敵人作戰部隊造成什麼創傷。鑑於此時志願軍在戰場上已成強弩之末，他於1951年1月8日命令部隊停止進攻，全軍休整。此舉引起朝鮮方面強烈不滿和反對。

同盟背後，彭德懷與金日成分歧嚴重，其中關於是否南進追擊，爭吵得最厲害。

會議記錄顯示，1951年1月11日下午5時，彭德懷與金日成、時任朝鮮外務相樸憲永在君子裏司令部會談，彭對二人發怒：“你們過去說美國不會出兵，從不設想如果美國出兵怎麼辦，你們認爲美國一定會退出朝鮮，但不考慮一下如果美軍不退出朝鮮怎麼辦？你們希望速勝，而又不作具體準備，其結果只延長戰爭，你們把戰爭勝利寄託於僥倖，就可能把戰爭引向失敗！志願軍休整補充需兩個月，沒有相當準備前，1個師也不能南進。如果認爲我彭德懷的中朝聯軍總司令不稱職，可以撤職，以至殺頭！”

在場所有人聽後，陷入沉默。

彭德懷在廬山會議後，金日成曾致電外交部，表明他非常贊同對彭的處理，並要求親見毛澤東，有很多事要對其說。其實抗美援朝中，他很清楚，很多事並不由彭德懷決定。