承明元年，年僅二十三歲的獻文帝突然暴崩。關於獻文帝的死因，史書上曾記載說：“顯祖暴崩，時言太后爲之也”，“實有鴆毒之禍焉”。馮氏派心腹將獻文帝毒死，實現了自己爲李奕報仇的諾言。可是獻文帝的突然去世，引起了很多大臣對馮氏的不滿。蘭臺御史張求聯絡獻文帝以前的親信，計劃發動一場政變，廢掉馮氏，歸政於孝文帝拓跋宏。可是事情暴露，馮氏一下子殺死了張求等與此案有關聯的幾千人。史書上評價馮氏說：“多智略，猜忍，能行大事，生殺刑罰，決之俄頃”。爲了大權獨攬，她還以謀反罪誅殺了孝文帝的外祖父南郡王李惠。同時還殺害了李惠的弟弟、兒子和妻子。

此外，馮氏還破格提拔有才幹的宦官。比如像杞道德、王遇、苻承祖等本來只是底層的小宦官，後來有的甚至只是一年時間就當上了王公大臣。馮氏利用他們出入宮禁，形成了“中官用事”的局面。馮氏雖然寵信宦官，但對他們卻作了嚴格的限制，絕不放任自流。左右下屬如果犯了錯誤，一般都會受到杖責。不過馮氏生性寬容仁裕，事情過去之後從不心存芥蒂，只要臣下積極改過，她依然待之如初，有的還因此更加富貴。同樣馮氏對宗室諸王的管束也很嚴格。

文成帝的兒子安樂王拓跋長樂被任命爲定州刺史，可是他在當地卻作威作福，激起了公憤。於是他被押回了平城，可是卻仍然不思悔改，馮氏最後命令其自殺。汝陰王拓跋天賜和南安慧王拓跋楨因爲犯了貪污罪，馮氏打算將他們依法處死，後來因爲孝文帝出來爲他們反覆說情，才免除了死罪。但馮氏還是削去了他們的官職，而且令其終生不得爲官。其實她不但對臣下嚴厲，對孝文帝也是如此。有一回，一個宦官在馮氏面前說了孝文帝的幾句壞話，馮氏一氣之下用棍子打了孝文帝好幾十下。孝文帝卻默不作聲，不爲自己爭辯什麼。

就這樣馮氏清除了異己，又培植起一個忠心耿耿的政治集團，她繃緊的神經也漸漸放鬆了下來，又開始爲自己物色新的寵臣。王叡身材魁梧，儀表堂堂，對占卜頗有研究。馮氏一見就喜歡上了他，經常找理由與之私會。馮氏先將王叡升爲給事中，後來又擢升他爲吏部尚書，賜爵太原公，太和四年還提拔他做了中書令、鎮東大將軍，賜爵中山王。而且馮氏愛屋及鳥，對王叡的家人也格外優待。王叡的兩個女兒出嫁時，馮氏都親自爲她們操辦並主婚，規格竟然和公主出閣一樣。

仰仗着馮氏的寵愛，王叡很快就成爲了富甲一方的大富翁。他自然對馮氏感激不盡，表示甘爲太后赴湯蹈火在所不辭。其實除了王叡之外，馮氏還有另外一個寵臣李衝。李衝是敦煌公李寶的兒子。他是個儒雅的白面書生，和王叡的陽剛之氣完全不同。馮氏曾在一個月之內就賞賜了他幾千萬。不過李衝並不貪財，他把這些財物大多送給了親朋好友和平民百姓。元丕和遊明根兩人是朝中的重臣，馮氏知道籠絡好他們非常重要。因此馮氏每次送給王叡和李衝禮物的時候，從來沒忘了給元披和遊明根也準備一份。

比如有一次，馮氏爲王叡建造了豪華的住宅，同時也爲元丕建造一座。新宅落成之日，馮氏還親自登門道賀，悄悄送了元丕一個金印作爲賀禮。喫了別人的嘴軟，拿了別人的手短，元丕和遊明根很自然也不再多說什麼了，聽任馮氏在朝中一手遮天。馮氏知道自己離世之後，馮家的顯貴地位必然會衰落。於是她未雨綢繆地把自己的幾個侄女先後送入宮中。侄女們都貌美如花、善解人意，很快就贏得了孝文帝的喜歡。除了一個侄女因爲生孩子難產去世之外，馮清、馮潤還先後當上了拓跋宏的皇后。不過後來馮潤不守婦道，孝文帝在臨終前下詔將之賜死，可能是看在馮氏的面子上吧，最後還是按照皇后的禮儀安葬了馮潤。

孝文帝稍稍長大之後，馮氏便把他帶在身邊，親自進行言傳身教。除此之外，她還作了《勸誡歌》三百多章和《皇誥》十八篇等勸勉孝文帝。太和十年以後，馮太后開始讓孝文帝直接處理國家大事。拓跋宏雖然是鮮卑血統，但他是由馮太后親自撫養長大，自幼接受的便是漢族的文化。他仿照漢朝的禮儀，修明堂、建立太廟、正祀典，還親自耕種藉田，祭祀舜、兩、周公和孔子。馮氏身爲皇后、皇太后和太皇太后，可是她的生活卻比較儉樸。她不喜歡華麗的裝飾，平時穿的都是素色、沒有花紋裝飾的衣服。在馮氏的影響下，孝文帝也養成了節儉樸素的好習慣。

在飲食方面，馮氏改變了原來宮中食不厭精、膾不厭細的舊制，把原來的食譜減少了大部分，她平時喫飯用的桌子也只有幾尺長。有一次，馮氏在喝粥的時候，竟然發現裏面有一隻蜻蜓。她沒有在意，只是伸手把蜻蜓挑了出來。孝文帝看到了非常生氣，於是打算嚴懲做飯的廚師，可馮氏卻出言阻攔說：“這只是小事一樁，沒有必要因此而大發雷霆。”御廚逃過一劫，自然很感激馮氏。其實馮氏不僅對下人的小過失能寬宏大量地不予追究，而且還很關心老百姓的疾苦。太和十一年，北魏大旱，同時又發生了大規模的瘟疫。馮氏心急如焚，通知各地三長收留乞食的百姓，停造綾羅綢緞，開倉賑濟老百姓，尤其優待老弱病殘。馮氏和大臣們的齊心合力終於使北魏度過了這場危機。

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