例如，从修饰盒表达的功能元件包含多种报道基因，如EGFP (见信息栏“用EGFP作为报道分子”)、β-半乳糖苷酶(LacZ).胎盘碱性磷酸酶(PLAP) 或麦胚凝集素(WGA)标记；重组酶，如Cre重组酶(见信息栏“Cre-loxP")、FIp 重组酶、Cre-ERT2重组酶、Flp-ERT2 重组酶。

其他可能的特征包括：毒素，如白喉毒素A (DTA);表位和亲和标签，如Flag、 Myc、 血凝素(HA)、 蛋白A、多组氨酸和碱性磷酸酶；等位基因变异体(显性抑制或激活突变)，如点突变、核苷酸插入或缺失；以及调控组件，如四环素反式激活因子(tTA) 和反向的四环素反式激活因子(rTA)。

BAC工程方案的策略为了提供一套用于转基因的高通量构建BAC载体的系统，人们开发了一种用于高通量研究的简便、高效的方法。通常采用两种策略用于BAC工程，称之为两步和一步BAC工程。

两步完成的方案包括将两个同源臂(与BAC载体同源的序列)克隆到穿梭载体中，随之在穿梭载体和BAC克隆间进行两步重组。第一步使穿梭载体整合到BAC上，形成“共合体”(cointegrate); 第二步，无用的穿梭载体序列被移除，在适当的位置只留下包含突变或报道基因的组件。

携带共合体BAC的宿主菌株在琼脂和蔗糖上生长的过程中，携带未重组BAC的细菌被消除(图5-5)。因为人们能在修饰盒的A或B同源臂区域设计突变，此方案能用于精细地改变目的基因，如点突变、插入、缺失、置换或过表达一个显性抑制基因以产生动物模型(图5-6)。