在提及交易工具時，我們也常看到“量化交易”的描述，但其易被誤認爲“量化的交易”，定義含糊。實際上量化投資也會用到手動交易，爲了避免混淆，可使用更爲嚴謹的“程序化交易”。

程序化交易（Automated trading）與“手動交易”相對應，指採用程序自動化決策來執行操作的交易工具，可同時交易成千上萬種資產，而手動交易無法做到。

程序化交易並非量化特有的執行方式，量化投資在發展初期也曾藉助手動下單——20世紀70年代，量化投資先驅、文藝復興的詹姆斯·西蒙斯在進行期貨的量化投資時，由於計算機技術發展還不夠充分，仍採用打電話給交易員，告知交易標的和數量等信息，實現在交易所平臺的下單。即便到現在，國際頂級機構如D． E． Shaw在部分流動性不好的品種上（例如期權交易）還是會通過電話進行諮詢和下單。

隨着科技發展，程序化交易作爲一種交易工具，能夠快速捕捉機會和避免人爲錯誤，可降低交易成本、提高交易效率，因此被更多的投資者們所選擇。

事實上，不管是主觀投資還是量化投資，不管機構投資者還是個人投資者，都可以根據自身情況去評估和使用該工具。在美國，不僅是量化投資機構，幾乎90%以上的機構投資者基本都採用“程序化交易”的工具，包括主動管理中的主觀投資龍頭富達基金（Fidelity）、被動管理中的指數基金龍頭先鋒集團（Vanguard）等等。

程序化交易除了有利於投資策略的執行、促進機構投資者成爲市場主力之外，還提高了市場的定價效率：高效的程序化交易讓市場上金融工具價格的偏差在短時間內得到糾正，使其價格更接近其內在價值或其標的的內在價值，有助於穩定市場體系。

同時，程序化交易也增加了市場的流動性——高換手率交易策略程序在運行的過程中，隨着交易信號的出現，限價指令不斷形成、報送、執行和回報，與極其短暫的持倉相配合，形成流動性需求的同時，也釋放了相應數量的流動性供給。流動性的增加使市場價值提高，吸引更多投資者加入市場，形成良性循環。