小編按:對於科研剛開始起步的廣大醫學生來說,如何合理利用統計學軟件進行繪圖是一個大難題,今天就讓我們一起來學習一下森林圖的繪製吧。本系列文章不定期推送,敬請期待~

提到森林圖,很多人的第一反應就是Meta分析。實際上,除了Meta分析,森林圖還有諸多用處。

森林圖可以直觀的反映出效應量(例如RRORHR或者WMD)大小及其95% CI,這些效應量指標通常都是通過採用多因素迴歸分析所得,因此我們同樣可以把森林圖借鑑過來,用於展示多因素迴歸分析的結果,從而使結果可視化,更加直觀明瞭。

在本期內容中,我們來實際操練一下,介紹幾款常用的軟件,教大家繪製出高質量的森林圖。

下面我們以2016年發表在JACC雜誌上的一篇文章《A Prospective Natural History Study of Coronary Atherosclerosis Using Fractional Flow Reserve》爲例,利用文章中的Table 3多因素迴歸分析的結果來繪製森林圖。

GraphPad Prism--論文繪圖必備

GraphPad Prism是一款專門爲醫學專業人士設計的繪圖軟件,同時也兼顧統計分析的功能,操作便捷,可以幫助我們輕輕鬆鬆繪製出高質量的專業圖形,簡直就是科研人員的福利。下面我們以GraphPad Prism 7爲例,來介紹一下如何繪製迴歸分析結果的森林圖。

1、新建GraphPad Prism文件

New Table & Graph下選擇Column,利用軟件提供的MetanlysisForestplot教程數據新建一個GraphPad Prism文件。

2、錄入數據

按照軟件提供的教程數據模板,錄入對應的變量名稱、HR值以及95% CI

3、點擊Graphs下級目錄中的Metanalysis,即可發現軟件已經自動生成了一個森林圖雛形,但是我們還需要對圖形的一些細節進行進一步調整。

4、調整座標軸:雙擊座標軸,進入Format Axes界面

4.1 首先,在Frame and Origin選項卡中設置座標軸的起點(即無效線的座標點),圖形的形狀、大小、位置,座標軸的顏色、厚度等參數。

4.2 然後,在X axis選項卡中設置X軸的參數,主要包括刻度範圍,刻度方向、長度,X軸的起點和增量等信息,同時在Titles & Fonts選項卡中設置變量名稱與Y軸的距離。

5、調整圖形元素:雙擊圖片,進入Format Graph界面

5.1 首先,在Appearance選項卡中設置圖形各個元素的細節,包括顏色、形狀、大小、厚度等信息。

5.2 然後,在Data Sets on Graph選項卡中調整變量名稱的順序。

此時再次點擊Graphs下級目錄中的Metanalysis,發現經過調整後的森林圖如下圖所示,已經基本符合要求了,但總覺得少一些什麼。

6、插入數據文件

如果想在森林圖中進一步添加HR值、95% CI及對應的P值,可以在圖形處單擊右鍵,選擇Insert Object → Excel Object,插入一個Excel文件,錄入對應的數值即可。最終生成的森林圖如下所示,就可以直接導出放在文章中了哈。

Excel--辦公居家標配

Excel作爲Office辦公三件套的標配之一,其處理數據和繪圖的功能也是非常豐富的,它的強大足夠超乎你的想象。相信大家對Excel的操作已經很熟悉了,那麼怎樣利用Excel繪製森林圖呢?

我們以Excel 2013爲例,雖然Excel裏並沒有直接提供繪製森林圖的圖形模板,但我們可以另闢蹊徑,通過選擇插入圖表所有圖表股價圖收盤圖來繪製森林圖的雛形,如下圖所示。

Excel中錄入數據

這是一個旋轉了90°的森林圖,這種類似的圖也經常能夠在文獻中看到,例如2018年發表在Arterioscler Thromb Vasc Biol雜誌中(影響因子:6.6)的一篇文章《High-Density Lipoprotein Cholesterol and Mortality Too Much of a Good Thing?》,文中爲了表達HDL-C水平與全因死亡之間的關聯性(HR值),就採用了這種旋轉了90°的森林圖來表達分析結果,是不是和上面用Excel做出來的森林圖雛形很相似呢。

下面,在這個圖形的基礎上,我們可以對圖形的一些細節進行加工,包括字體、顏色、座標軸刻度、交叉點等等(此處省略……字),修改完之後再將圖形旋轉回來就OK了,如下圖所示。

操作過程好像聽上去很簡單,不過大家可能更關心的是「此處省略……字的這個部分,至於怎樣對圖形的細節進行調整呢?

沒關係,爲了儘可能給大家提供方便,小咖已經做好了一個Excel圖表的模板(ForestPlot.crtx)安利給大家,大家可以把這個文件放在Excel默認的模板目錄下面,小咖電腦中的目錄爲(C:UsersAdministratorAppDataRoamingMicrosoftTemplatesCharts),可以根據自己電腦安裝的目錄進行尋找。

然後當我們再次打開Excel時,選擇插入圖表所有圖表模板,就可以看見添加進去的森林圖模板了。有個這個模板,大家就可以把自己的數據直接Copy進去就大功告成啦。

此外,如果還是覺得上面的森林圖顯得有些單薄,我們還可以將做好的森林圖再插入到Excel的表格中,把圖形和數據進行結合,使得看上去更加高大上哈。

在本期內容中,我們主要介紹了2款比較直觀的繪圖軟件,來教大家繪製迴歸分析結果的森林圖。除了這兩個軟件,我們還可以使用RStata軟件來繪製森林圖,具體操作步驟可到「醫咖會」微信公衆號:回覆關鍵詞「森林圖」,即可查看完整教程;回覆關鍵詞「模板」,即可免費下載GraphPad模板和Excel圖表模板。

參考文獻:

[1] J Am Coll Cardiol. 2016;68:2247-55

[2] Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2018; 38:669-72

*文中圖片由作者提供

編輯:杏葉沙蔘

文章來源醫咖會微信公衆號

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