徽商管理层次中虽然出现了代理人这一角色，表面上看，他同晋商大掌柜极为相似，但实质不同，他只是以集资形式借用商人资本或族人资本独立经商，不受出资者任何管理意义上的制约，赢亏也不直接对出资者负责。由此可见，代理人与出资者只是一种松散的宗族内部的借贷关系或资助关系，并不具备经济意义上的代理关系。晋商之间的借贷或资助关系则不限于家族内部，而是在同乡之间广泛进行。在早期（明代)的商业运营中他们更多的是通过同乡之间的“合伙”来筹集资本，到清代中后期，晋商的经商活动中形成了比较清晰的两权分离和比较完善的委托代理关系，各阶层之间的权限均有比较明确的界定。

徽商副手实际上在整个管理层中起着关键作用，分享了类似晋商大掌柜的权限。他们同商人之间的关系相当亲密，作为商人的直系亲属或亲密族人，实际上兼有管理者和监督者两项功能，并且在实践中他们也多以主人的身份出现。而晋商大掌柜（总号经理) 同财东之间一般只用乡土关系来维系，财东聘用非本族的山西籍人担任大掌柜，并由大掌柜作为管理层次的核心，全权管理所有分号的商业运作以及人事任免。财东和掌柜之间，以“诚信”和“仁义”等原则结合在一起，通过相互信任和忠诚发挥经营者的才能并在掌柜负责制的基础上，形成“制约互利”的联号制，通过层层节制的办法使整个管理系统有条不紊。各商号之间既相对独立又相互支持，和而不同又层层服从，表现出和谐的“团队精神”和“集体主义原则”，从而保证了“相互拆借”、“酌盈济虚”、“抽疲转快”等组织原则的有效运作。

徽州商人经常直接参与经营与决策，并具有家长型特点。许多徽商既是商人也是家族族长或宗族要员，在商业活动中还集商人和代理人于一体。徽商的管理层次及其职权很难清楚地加以界定与分化，他们常常处于经营管理的前沿，统理整个商业的运营。而晋商财东则往往对商号的具体经营活动不加干预，体现了所有权和经营权的分离。他们不直接参与商号的经营管理，而是委托掌柜具体负责，并授以资金运用权、职员调配权、业务经营权，以充分发挥其才干。在选择掌柜时，财东本着“用人不疑, 疑人不用”的准则，挑选自己信赖的、精明能干的人作掌柜。财东除每年审阅年终报表外，其它事情概不过问，放手由掌柜管理。如祁县乔家，各分号掌柜在领得资金后，独立自主地开展业务，不受财东干预，只是每年年终将盈亏状况写出“清抄”送东家过目。东家看完各号“清抄”后，谁好谁差便心中有数，在设宴时区别对待。赚钱多的坐首席，东家亲自敬酒；赚钱少和不赚钱的坐末席，冷落相待，并决定去留，以此激发掌柜的上进心。所有权与经营权的分离，一方面极大地调动了各号掌柜经营的自主性、积极性和创造性，同时也使他们摆脱了后顾之忧，放手大胆地按照自己的经营方针、经营目标和经营战略开展业务。这种两权分离的经营机制为推动商号的发展创造了良好的经营环境。