徽商管理層次中雖然出現了代理人這一角色，表面上看，他同晉商大掌櫃極爲相似，但實質不同，他只是以集資形式借用商人資本或族人資本獨立經商，不受出資者任何管理意義上的制約，贏虧也不直接對出資者負責。由此可見，代理人與出資者只是一種鬆散的宗族內部的借貸關係或資助關係，並不具備經濟意義上的代理關係。晉商之間的借貸或資助關係則不限於家族內部，而是在同鄉之間廣泛進行。在早期（明代)的商業運營中他們更多的是通過同鄉之間的“合夥”來籌集資本，到清代中後期，晉商的經商活動中形成了比較清晰的兩權分離和比較完善的委託代理關係，各階層之間的權限均有比較明確的界定。

徽商副手實際上在整個管理層中起着關鍵作用，分享了類似晉商大掌櫃的權限。他們同商人之間的關係相當親密，作爲商人的直系親屬或親密族人，實際上兼有管理者和監督者兩項功能，並且在實踐中他們也多以主人的身份出現。而晉商大掌櫃（總號經理) 同財東之間一般只用鄉土關係來維繫，財東聘用非本族的山西籍人擔任大掌櫃，並由大掌櫃作爲管理層次的核心，全權管理所有分號的商業運作以及人事任免。財東和掌櫃之間，以“誠信”和“仁義”等原則結合在一起，通過相互信任和忠誠發揮經營者的才能並在掌櫃負責制的基礎上，形成“制約互利”的聯號制，通過層層節制的辦法使整個管理系統有條不紊。各商號之間既相對獨立又相互支持，和而不同又層層服從，表現出和諧的“團隊精神”和“集體主義原則”，從而保證了“相互拆借”、“酌盈濟虛”、“抽疲轉快”等組織原則的有效運作。

徽州商人經常直接參與經營與決策，並具有家長型特點。許多徽商既是商人也是家族族長或宗族要員，在商業活動中還集商人和代理人於一體。徽商的管理層次及其職權很難清楚地加以界定與分化，他們常常處於經營管理的前沿，統理整個商業的運營。而晉商財東則往往對商號的具體經營活動不加干預，體現了所有權和經營權的分離。他們不直接參與商號的經營管理，而是委託掌櫃具體負責，並授以資金運用權、職員調配權、業務經營權，以充分發揮其才幹。在選擇掌櫃時，財東本着“用人不疑, 疑人不用”的準則，挑選自己信賴的、精明能幹的人作掌櫃。財東除每年審閱年終報表外，其它事情概不過問，放手由掌櫃管理。如祁縣喬家，各分號掌櫃在領得資金後，獨立自主地開展業務，不受財東干預，只是每年年終將盈虧狀況寫出“清抄”送東家過目。東家看完各號“清抄”後，誰好誰差便心中有數，在設宴時區別對待。賺錢多的坐首席，東家親自敬酒；賺錢少和不賺錢的坐末席，冷落相待，並決定去留，以此激發掌櫃的上進心。所有權與經營權的分離，一方面極大地調動了各號掌櫃經營的自主性、積極性和創造性，同時也使他們擺脫了後顧之憂，放手大膽地按照自己的經營方針、經營目標和經營戰略開展業務。這種兩權分離的經營機制爲推動商號的發展創造了良好的經營環境。