朱翊鈞是明朝第十三代皇帝，是穆宗的第三子，史稱萬曆皇帝。 5歲的時候，就被父親批准學習，這在明朝歷代的皇子之中，算是一個特例了。

萬曆元年（1573）年幼的朱翊鈞登基後做的第一件事就是處置了內閣首輔大臣高拱。

穆宗去世時，悲傷過度的高拱在內閣中邊哭邊說：“十歲的孩子，怎麼治理天下呀！”其實，他說這話並無其他意圖，只是出於對明朝社傻的擔憂以及對太子小小年紀就要擔此重任的憐惜。但“說者無意，聽者有心”，特別是被有心人給聽到，那就問題出來了。這個有心人就是太監馮保。他與高拱的矛盾早在隆慶初年就己經激化了。高拱是首輔大臣，掌印太監這個職位的人選一般要經首輔大臣的同意，馮保對這個位子凱敘已久．但高拱認爲這個職務權重位顯，非正直賢良人士不能擔任，而馮保過於奸滑，成於鑽營，因此先後推薦了陳洪和孟衝出任了此職，這使馮保一直等待機會報復高拱。他花功夫結納了皇后和李貴妃，又利用內閣次首輔張居正不甘人下的心理，爭取同情。穆宗去世後，他便由孟衝手中將長官太監的大權奪了回來。

高拱的災難還是來了，馮保的心腹黨羽在其支持下連連上疏彈劾高拱，高拱最終告老還鄉。張居正接替高拱的位置出任首輔，同時還成爲了皇帝的老師。張居正主政了，大刀闊斧的改革吏治，提高辦事效率，裁汰冗員整頓軍備，一時之間朝廷欣欣向榮。神宗皇帝很滿意。

然後到了1582年張居正去世，本來張居正去世讓神宗非常哀傷，追授了他許多榮耀，但不久高拱去世，其所著遺言被神宗皇帝看到，裏面詳細描寫了當年張居正與馮保一起矇騙皇帝的內幕，讓神宗大爲憤怒。首先下令徹查馮保，抄出黃金白銀100萬輛，珍寶無數！

馮保被抄後，神宗將矛頭對準了死去的張居正。於是在張居正死後一年，神宗下令剝奪張居正爵位，並將其兩子罷職，隨後對張家進行查抄。查抄的結果，只得黃金一萬餘兩，白銀十幾萬兩。太監張誠擔心不好交代，便把張居正的長子張敬修抓來拷問，張敬修禁不住皮肉之苦，信口說還有30多萬兩銀子，分藏在曾省吾等人家，結果這些人也受牽連，被查抄。不久，張敬修投河自盡，張家的慘狀也令朝野驚詫，於是大臣們上疏請求從寬處理，神宗才下詔留空宅一所、田10頃！贍養張居正的母親。

至此，神宗控制了朝中大權，開始了親政生涯。時年20歲的神宗終於洋洋自得地親政了。但這個從小就受到張居正嚴格教育的皇帝，卻因爲那段中規中矩的學習生活，產生了嚴重的逆反心理。凡是當年張居正要求他做的，他現在均不做，就連那些改革措施，他也一概統統廢除，全然不管這些措施是否是真對國家有利。

神宗還逐漸學會了抽大煙，玩花鳥。最後就連經筵和早朝等也是三天打漁，兩天曬網，到後來索性以“聖體違和”爲由，停止了日講和早朝。從1590年起，就不再召見任何朝臣，就是祭祖大典也沒有參加。直到 1615 年因要解決寵愛的鄭貴妃的“挺擊案”，這才召見過一次羣臣。

另外官員短缺的現象已令人震驚。中央九卿要員中空缺一半，有的衙署竟無一人。到1612年時，內閣僅剩下葉向高一人，六卿僅有趙煥一人，都察院連續8年沒有領導，全國半數以上的府沒有知府，而新科文武進士及教職數千人，卻無事在京城待命。朱翊鈞開始大肆揮霍財政，爲皇子結婚就花費相當於人民幣4億元的白銀，爲給自己買珠寶竟然話費20多億人民幣。

神宗皇帝對錢財的奇貪，前無古人。當時徵稅的對象，根本就不論所處的階層，無論是達官顯貴，還是城市貧民，凡是涉及到私人物品的，沒有一樣不納稅。就連雞、豬、牛、馬等等，都不放過。但稅使要同礦監比起來，可真是小巫見大巫了。礦監們都是些不學無術的閹貨，根本就不懂什麼勘探，而是隨便指鹿爲馬，不論田園房屋，只要看好就可以敲詐一筆。有的還藉口找礦，到處挖掘墳墓，搜取金銀陪葬品。

1602 年，皇太子大婚典禮剛結束不久，朱翊鈞忽然病倒。荒淫無度的神宗害怕自己亡故，想在臨死前彌補一下以前的種種荒唐行爲，下令將礦稅、江南織造等停止，關押的罪犯都放掉，因上疏而削職的官員也都官復原職，各衙門缺官的，一律補齊，就連派下去的“礦監”、“稅使”也一併召回。這個令人振奮的消息使文武百官興奮不已，個個摩拳擦掌，準備大幹一場。但他們高興得太早了，因爲沒多久，神宗的病又突然神奇地痊癒了。

萬曆二十九年，經過長久的宮鬥朱常洛終於被立爲太子。此時，許多廷臣就上疏提出，讓已冊封爲福王的皇三子朱常詢，儘快到他的封地洛陽去，以避免在京久留，惹出事端。但這時神宗仍未放棄“意在常詢”的主張，便將奏疏悉數“留中”，託辭要爲其冠婚，將福王留下。

那時，神宗依然不問朝政，也不見大臣。就是皇太子見他一面也不容易，可是偏偏福王朱常詢例外，有時甚至一天能見好幾面。若有事要報，早上說了，傍晚必有迴音。神宗自己都這樣拖着，福王當然更不願離開京城，就這麼不顧名分地住下了。這樣就又過了10年。萬曆四十一年（1613）春，閣臣葉向高等人舊事重提，請福王儘快離開京城，回到封國，並得到了病中慈聖太后的支持。這下神宗再無理由推拖，但卻以莊田4萬頃賜予福王作爲條件才同意了衆大臣的這項提議。二月，福王朱常詢滿懷怨恨地去了自己的藩地洛陽。萬曆四一十三年（l615）五月初四夜，一名手持棍棒的男子潛人皇太子居住的慈慶宮一棒將守衛宮門的內侍李鑑擊倒，隨即闖到前殿檐下，向皇太子寢室逼去。

這時，內侍韓本用等人被李鑑的喊聲驚動趕來，合力將此男子制服並將他交給駐守東華門的守衛指揮朱雄等人，由他們暫時看押。由於第二天就是端午節，所以這一夜宮中的許多人都在爲第二天的活動做着準備工作，因此，沒多大一會兒，整個皇宮都知道了這件事情，人們議論紛紛。但當時誰也沒有料到，這竟是一個曲曲折折、差不多把整個宮廷都捲了進去的大案更不會料到，這案子以後又反覆被人利用，而幾乎與明代帝室共存亡

神宗統治中後期，政治更爲腐敗，皇帝的揮霍無度、橫徵暴斂加上水、早、蝗等災連年不斷，百姓實在難堪重負。萬曆二十七年（1599）四月，山東臨清、湖廣武昌先後發生了人民暴動，人民衝擊稅署，驅逐稅官。萬曆二十九年（1601年 ) ，江南爆發了一次明朝末年最有聲勢、組織最嚴密的反礦監稅使鬥爭。與此同時，江西上饒、景德鎮，雲南騰越，福建漳州等地都有民衆暴動的奏表。這些關係着國家生死存亡的加急奏章呈到神宗的面前時，神宗卻視若無睹，也只是隨便翻翻而已。因爲神宗知道兵部自會依律派兵鎮壓，也清楚造成這種局面的罪魁其實是他自己。

內亂未平，外患又起。北部邊睡也是警報頻傳。北方女真族的努爾哈赤，在萬曆四十六年（1618）四月，以殺祖殺父之仇等“七大恨”告天，誓師伐明。努爾哈赤勢如破竹。四月二十一日，攻克了撫順。這下神宗才着了急，連忙命令兵部調集了近9萬人的兵力，連同衆多朝鮮兵，約計10餘萬人，號稱47萬大軍，由遼東經略楊鎬指揮，企圖將後金一舉殲滅。然而這時，國庫卻銀兩不足，大臣請求從大內存銀中調撥300萬以作軍晌。但是，神宗向來都是視內庫爲己有，所以他堅決不同意。無奈，戶部只好自己去東拼西湊，總算湊齊了銀子。

萬曆四十六年八月，戶部尚書李汝華疏請增加賦稅，神宗一看，撈錢的機會來了，立刻同意。就下令追加天下田賦，三年三增，累計每畝淨增已達九釐，年田賦增徵總額爲520餘萬兩。許多農民因此被奪去土地，流離失所，山東、河南等地農民暴動接連不斷。 1619 年，明軍分四路圍攻努爾哈赤，結果努爾哈赤採用了誘敵深人，集中優勢兵力逐個殲滅的戰略方針，打得明軍傷亡近 6萬人，將領戰死300餘員，這就是歷史上著名的“薩爾滸之戰，。此戰過後，後金的軍事實力大大增強。明朝開始轉入戰略防禦．風燭殘年的萬曆皇帝，再也禁不起如此打擊。 1620 年，朱翊鈞去世，結束了這個明代在位時間最長皇帝荒唐透頂的一生。