衆所周知，秦在秦始皇以前利用商鞅進行變法，給秦的發展注入了強勁的活力，也就是說，秦乃是以法家思想變革社會，迅速強大起來的；秦始皇時，秦朝又“焚書坑儒”，在歷史上影響很深。於是，這很容易給人造成這樣的印象：儒家學派和儒家思想在秦朝沒有活動的市場，其地位極端低下。其實，情況並非如此。

秦朝時期，儒家思想一如戰國時期那樣地影響着社會。

秦朝以前，儒家學說由於自身的特點無力應付劇烈變化的複雜社會局面，而法家在數百年的大變亂、大動盪中倒顯示了積極進取的思想活力，但是，作爲儒家代表人物的孔子，其影響卻越來越大。孔子生前雖曾遭到譏諷和圍攻，卻更多地受到人們的稱讚和尊重。戰國時期，他的影響繼續擴大，在孟、荀等人的宣揚下，不僅儒學成爲“顯學”，而且孔子也成了“聖人”。孟子說：“自生民以來，未有盛於孔子也。”又說：“孔子，聖之時者也，孔子之謂集大成。”儒家後學十分推崇孔子，其他各派也給孔子不少肯定，如屬於道家的《列子》在《力命》篇中說：“仲尼之望，不出諸侯之下。”屬於法家的《韓非子》在《內儲說下》篇中稱：“仲尼爲政於魯，道不拾遺。”孔子受到人們的普遍尊重，乃是在社會活動中自然形成的結果。

秦統一後，到底用什麼思想對國家進行統治，卻帶有一定的盲目性。在這歷史的大轉折時期，秦的統治者也試圖建構起與統一大帝國相適應的思想體系。然而，爲了穩定形勢，使國家機器運轉，秦始皇將主要的精力投注到了官僚機構的建設上面，在利用法家學說建立專制統治的時候，在統治思想中也吸收了儒、墨、陰陽諸家的思想因素。當然，這並不是說他已有了固定的統治思想體系。事實上，很難說秦統治者已經認真思考過這一重大問題，因而秦的前期，在施政定製上仍然基本以法家思想爲依據，也兼採了陰陽家等的思想。秦設博士官，包括儒家在內的諸子百家均可立爲博士，這表明秦始皇雖然不一定重視儒家學說，但至少開始時並不排斥儒家。所以秦始皇說自己“悉召文學方術士甚衆”，並“置酒咸陽宮，博士七十人前爲壽”。這些“文學方術士”和“博士”中，有不少就是儒生。終秦之世，儒生在歷史舞臺上的活動史不絕書。如始皇二十八年“與魯諸儒生議刻石頌秦德，議封禪望祭山川之事”；公子扶蘇稱“諸生皆誦法孔子”；秦二世“召博士、諸儒生問”，博士諸儒生30餘人引《春秋公羊》之義以對；叔孫通降漢，“從者儒生弟子百餘人”。

秦始皇的“焚書坑儒”也不意味着儒學的被消滅。正因爲儒學之盛影響到了秦的政治，才使得它遭到了這一厄運。同時，秦朝的“焚書”和“坑儒”，其直接目的是限制儒生，使其就範。因爲如果要消滅儒學，就應在焚書時只燒儒家的經典，而不是“百家語”；在禁止民間收藏《詩》《書》的同時，也不應允許祕府收藏、博士掌握。而所謂的“坑儒”事件則是由方術士求仙藥不成引起，坑殺的460餘人不會全是儒生，而且其罪名是“爲妖言以亂黔首”，並非針對儒家的思想主張。所以，明人焦在《焦氏筆乘》中談到：“秦時未嘗不用儒生與經學也。”康有爲的《新學僞經考》也認爲，如果以“坑儒”爲盡坑儒生，乃“非其誠而又增之”，“以坑儒爲絕儒術者，亦妄言也”。

當然，焚書坑儒既然是秦始皇執行法家集權政治的必然結果，那麼儒家等各派的思想在一定程度上遭到禁錮是肯定的。作爲新的空前統一的封建帝國的創造者，秦始皇沒有經驗可以借鑑，在統治思想方面他要利用各家各派中自認爲合理的東西。司馬談《論六家要指》中說：“儒者博而寡要，勞而少功，是以其事難盡從。然其序君臣父子之禮，列夫婦長幼之別，不可易也。”這種看法再適宜於秦不過了。秦統治者對儒家的倫理思想特別器重。《呂氏春秋》是一部以儒家思想爲主體的着作，這在其倫理主張方面表現尤爲突出。呂不韋爲秦相時，儒家思想佔有重要地位。即使在呂不韋集團下臺後，孔子的倫理思想，尤其是君臣、父子、夫婦之道，始終未廢。孔子的忠、孝、節、義思想在秦代佔據着統治地位。

不過，“焚”“坑”事件之後，許多學派的發展在一定程度上受到了限制，而儒家尤甚，他們失去了原來在政治舞臺上的地位。《太平御覽》卷八六引《異苑》曰：“始皇既坑儒焚典，乃發孔子墓，欲取諸經傳。”孔子在當時的地位明顯下降，儒生的境況也急轉直下，他們不敢再公開傳道授學。這種文化高壓政策，激起了人們的極大怨憤。當陳勝起而反秦時，“魯諸儒持孔氏之禮器往歸之”，孔子的九世孫孔鮒甚至做了他的“博士”，儒生們加入到反秦的行列中。