兩京制在中國歷史上並不稀奇，很多朝代都不止一個都城，比如隋唐兩代的長安、洛陽，當朝廷以長安爲都城時，洛陽通常以“東都”的形式存在；再比如遼金兩代的“五都制”，一共設置“東西南北中”五個都城。不過這些“一朝多都”的朝代都無法與明朝相比，儘管從數量上看明朝的“南北兩京”並無特別之處，但南京卻有一套實打實的“備份”班子，而這點是歷朝歷代都不具備的。

既然朝廷有兩套班子，那麼在明朝276年的歷史當中，南北兩京不會因職權重疊而產生衝突嗎？要回答這個問題，我們首先應該回溯到“兩京制”的誕生背景，也就是成祖朱棣時代。大明開國之後，朱元璋定都南京，此時明朝有且只有這一套班子，而且從後續的發展來看，朱元璋也沒有建立“陪都”的打算。那麼究竟是什麼原因造成了“兩京制”的格局呢？答案就是“靖難之役”。

朱棣起兵推翻朱允炆之後在南京登基稱帝，不過他的根基和統治中心在北方，所以遷都北京勢在必行。公元1421年，朝賀大典正式在北京奉天殿舉行，這也意味着明朝權力中心“北遷”的完成，自此北京取代南京成爲朝廷駐地。然而南京的獨特之處在於這是朱元璋定下的都城，而明朝又標榜以“孝”治天下，所以南京的都城地位是任誰也不敢取消的。

在這種情況下，北京被稱爲“行在”，而南京被稱爲“都城”，也就是說北京儘管是真正的權力中樞，但也只是名義上的“臨時都城”，即皇帝率文武百官駐紮的地方；而南京儘管已經退居二線，但名義上仍舊是大明王朝的“正式都城”。這樣的情況一直延續到朱棣駕崩，甚至仁宗朱高熾繼位之後曾一度想遷回南京，但可惜壽限太短，僅僅十個月之後仁宗也追隨成祖而去。

隨着局勢一點點平穩，“兩京制”的格局逐漸趨於穩定，因此到英宗時期，朝廷正式頒佈詔書，規定北京各衙署廢除“行在”二字，而南京各衙署添加“南京”二字，這樣就從法律層面將北京升格爲“正都”，而南京則成爲“陪都”。作爲曾經的都城，南京保留了一整套班子，諸如六部、都察院、通政司、五軍都督府、翰林院、國子監等機構一樣不落，而且官吏的稱呼和級別也與北京相同。

儘管這兩套機構從名份上說沒有什麼不同，但實際管轄的範圍還是大有區別。由於南京沒有皇帝，實權遠遠比不上北京，相對於北京可以統轄全國而言，南京的主要權力範圍基本侷限在南直隸。正因爲如此，南京各級官吏多爲虛職，也就是說國家按月供給糧米，但基本上沒什麼正經事可做，甚至到了明後期，南京基本上已經成爲失意大臣的養老之地。