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在基因水平上制备的疫苗称重组疫苗，根据研制原理的不同，有以下几种。

（1）基因工程疫苗

用基因工程方法或克隆技术，分离出病原微生物保护性抗原目的基因片段克隆，插入表达载体（大肠埃希菌、酵母菌或牛痘苗等） 的核酸序列中进行表达的疫苗。如将编码HBsAg的基因插入酵母菌基因组，制成DNA重组乙肝疫苗，或将流感病毒血凝素、单纯疱疹病毒基因插入牛痘苗基因组中制成的疫苗等。

（2）基因重组疫苗

通过强、弱毒株之间进行基因片段的交换而获得的疫苗。目前研究取得较为成功的重组疫苗有轮状病毒疫苗和流感病毒疫苗。

（3）转基因植物疫苗

用转基因方法，将编码有效免疫原的基因导入可食用植物细胞的基因组中，免疫原即可在植物的可食用部分稳定地表达和积累，人类和动物通过摄食达到免疫接种的目的，它具有可以口服，易被儿童接受，价廉等优点。常用的植物有番茄、马铃薯、香蕉等，目前在国内外均正在研发中。

（4）DNA 疫苗

将编码某种抗原蛋白的外源基因（DNA或RNA直接导入动物或人体细胞内，并通过宿主细胞的表达系统合成抗原蛋白，诱导宿主产生对该抗原蛋白的免疫应答，以达到预防和治疗疾病的目的。2005年，美国FDA批准了预防马西尼罗病毒感染的DNA疫苗上市，这是世界首个获得上市批准的DNA疫苗。随着基因技术的不断改进，DNA 疫苗将会在传染病防治工作中起到更重要的作用。