中央機構：

主要由中書省（主持政務）、樞密院（掌管兵權）和御史臺（負責監察）組成。中書省下分左3部（吏部、戶部和禮部）；右3部（兵部、刑部和工部）

中書省最高長官爲中書令，由皇太子擔任；又設右丞相、左丞相各1員（右居上，左居下，此規與明朝正好相反）；平章政事4員；右、左丞各1員；參知政事2員。自中書令至參政知事均爲宰執。中書省領左、右3部，各設尚書3員、侍郎2員。

至元三年（1266年）設置國用使司，主持全國財政。至元七年（1270年），撤掉國用使司，立尚書省，統6部，改中書省爲尚書省。中書省建置雖保留，但實際上由尚書省主持國政。至元九年（1272年），撤掉尚書省，歸併於中書省內。此外，又相繼設置了下列機構：宣政院（統領佛教事務及管轄吐蕃地區）；翰林兼國史院（主持制誥文字，纂修國史）；大勸農司（主持農桑、水利）；集賢院（主持提調學制和道教事務）；太史院（主持天文歷數）；將作院（主持工藝）；通政院（主持驛傳）；大宗正府（主持審理蒙古、色目人和宗室案件，不受御史臺監察）；崇福司（主持管理基督教徒和教士的事務）；回回司天監（主持掌管天象、回回曆法）；蒙古翰林院（主持蒙古國子監及譯寫蒙古文字）；經正監（主持管理皇室和貴族的營盤納鉢、標撥投下草地並治理有關詞訟）；管領本位下怯憐口隨路諸色民匠打捕鷹房都總管府（主持管理中宮從事織染、雜造等事務）；中尚監（主持管理掌成吉思汗大斡耳朵位下怯憐口諸務及內府供億）；會秋寺（主持管理武宗五斡爾朵（行宮）戶、錢糧、營繕諸寺等事務）。

地方機構：

除了“腹裏”（河北、山東、山西，以及河南和內蒙古的一部分)直隸於中書省（都省）和吐蕃由宣政院轄理以外，設有嶺北、遼陽、河南、陝西、四川、雲南、甘肅、江浙、江西、湖廣等10個行中書省（簡稱行省或省）。元末，又分出許多行省，如中書省分出山東行省，江浙行省分出福建行省，有些行省劃置分省，如福建行省內置建寧、汀州、泉州分省。可見，元末行省制開始混亂。在離省治較偏遠的地區，分道設宣慰司。負責民政的官員屬中書省管轄，負責軍務的官員屬樞密院管轄。邊陲民族地區的宣撫、安撫、招討等司，多爲當地土官任職。每省置丞相1員（後取消）、平章政事2員。

行省以下的行政區劃，依次爲路、府、州、縣。

路設總管府，長官是達魯花赤、總管；還有同知、治中、判官、推官，是爲正官；還有總領六曹、職掌案牘的首領官（經歷、知事、照磨）。

府設有達魯花赤、知府或府尹，同知、判官、推官，知事等官職。有的府隸屬於諸路，有的直隸於行省；有的統領州縣，有的則不統州縣。

州有達魯花赤、州尹或知州，以及同知、判官等官。有些州直隸於路或行省，有的州不統縣。

縣有達魯花赤、縣尹等官。有些縣直隸於路或府。

邊遠地區還有“軍”的建制，品秩及設官置吏皆如下州。

路治所在的都市，設一個或幾個錄事司（大都、上都設警巡院），管理市鎮居民。司內置達魯花赤、錄事、錄判等官員。

各級行政官員的任命權都掌握在中央，投下的州縣，其達魯花赤一職，由領有該地的諸王、貴戚或勳臣任命。

御史臺在地方上也有相應的分設機構。爲了征伐或鎮撫的需要，樞密院有時也在有關地區設置行樞密院。

基層行政設施：

縣級下面最初設立了2套行政組織。即坊裏制和村社制，但在實行的過程中逐漸合二爲一。

城關採用坊裏制。坊裏制於城內分若干隅，隅下設坊，置坊官、坊司。坊下設裏或社，置里正、社長；有的設巷而不設裏，置巷長。

農村採用村社制。縣下設鄉，置鄉長。鄉下設都，置主首。都下設村社。

社的戶數，以50家爲準。戶數超過50家者，待增至100家，添設1社長。不滿50家，則與附近村落合併爲1社，其社長由適中之村，擇1人擔任。

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